Les Marais communaux de Pierrepont sont intégrés à l’ensemble des marais de la Souche. Ce dernier abrite un vaste ensemble d’habitats tourbeux de haute valeur patrimoniale. Le marais Saint-Boëtien présente une forte diversité d’habitats tourbeux alcalins. Les étangs résultent de processus naturels et du travail des hommes, témoins pour partie d’une exploitation ancienne de la tourbe. Il illustre ainsi les différents stades d’évolution d’une vaste tourbière alcaline. A l’eau libre des étangs (à herbiers de characées ou de nénuphars blancs) succèdent les roselières, les mégaphorbiaies, les cladiaies et différents stades de boisements tourbeux.
La préservation du site permet de retrouver, au sein des étangs, une végétation aquatique à Characées et en marge une mosaïque de roselières à Massette à feuilles étroites, à Roseau commun et à Laîche des marais. Les habitats prairiaux présentant le plus d’intérêt sont la prairie à molinie et Gentiane pneumonanthe, les milieux pionniers à Souchet jaunâtre et la Cladiaie.
