Le Parc Astérix a dans son enclave deux secteurs inscrits en Natura 2000 répartis de part et d’autre de la zone récréative. Au sein du massif d’Ermenonville, ils offrent encore de belles surfaces de landes aussi bien humides que sèches. De nombreuses espèces à forte valeur patrimoniale s’y développe notamment pour la flore : le Millepertuis des marais, la Pulmonaire à longues feuilles, la Filipendule vulgaire ou encore la Potentille des montagne… Pour la faune citons par exemple, la Decticelle des Bruyères, le Leste dryade, l’Engoulevent d’Europe. C’est un des sites les mieux connus avec plus de 1600 espèces floristiques/faunistiques inventoriées.
Avec l’aide de la CDC Biodiversité et du Parc, ces surfaces sont gérées pour essayer de maintenir et développer les enjeux patrimoniaux identifiés. Une des problématique importante de gestion du site est la présence de front important de colonisation par la Fougère aigle. Ainsi, des actions de brise-fougère y sont régulièrement entreprises.
