Le Marais et les Petits Monts sont situés au cœur de la Vallée de l’Automne, corridor biologique important pour de nombreuses espèces animales et végétales. Traversés par l’Automne, les marais Malton, de Pondron et des Bourgons sont composés de roselières entourées d’aulnaies-frênaies et de saulaies arbustives. Les mégaphorbiaies et les cariçaies sont aussi bien présentes. Le coteau des Petits Monts est lui un exemple de pelouse calcicole (ou larris). Ces milieux ont un potentiel important en termes de patrimoine naturel. Les actions du Conservatoire visent à retrouver le patrimoine typique remarquable.
